Naturwissenschaft kann einiges nicht erklären. Sie zieht sich allerdings nicht die Antworten aus dem Hintern, wenn sie keine hat, die beweisbar sind. Das ist der Unterschied.
Wer oder was der Initialgeber für Forschung sein soll, ist nicht Teil des naturwissenschaftlichen Arbeitens. Wer sich in der Arbeit auf Glaubenssätze beruft, wird zwangsläufig Probleme bekommen.
Natürlich kommen ab einen bestimmten Punkt die gleichen Argumente - gerade weil sie bis dahin nicht widerlegt wurden.
Du verkaufst Gebete als einen Prozess, der recht "irdisch" auch genauso gut durch die Wirkung positiven Denkens oder schöne Katzenbilder erklärt werden könnte, als etwas Metaphysisches, dass der "Direktleitung zu Gott" gleichkommen soll. Darin steckt die bewusste oder unbewusste Manipulation - nicht in dem Verweis auf den tatsächlich verifizierbaren Umstand, dass sich Beten körperlich positiv auswirken kann, wenn man nur daran glaubt.