Wenn man "ich gehe in die Schule" sagt, ist meistens das Gebäude gemeint. Und bei "ich gehe auf die Schule", da will man nicht sagen, dass man sich jetzt auf den Weg macht um in die Schule zu gehen, sondern dass man dort angemeldet ist.

Daher denke ich, dass "gehe in dein Zimmer" eher meint, der Angesprochene soll an einen bestimmten Ort kommen, während "geh auf dein Zimmer" eher bedeutet "du hast Stubenarrest", also die Betonung liegt nicht auf dem Ort "Zimmer", sondern der Institution "Zimmer als Bestrafungseinrichtung".
Aber da gibt es sicher Überschneidungen und auch regionale Gewohnheiten. Ich denke, der Unterschied ist nur eine winzige Nuance.