Bei solchen Problemen würde ich beide Systeme neuaufsetzen, vor allem wenn Du mit Viren o.ä. rechnest. Das Ausmerzen solcher Probleme bei 2 Systemen ist aufwendiger, wenn überhaupt möglich, als eine Neuinstallation. Hast du mal verschiedene Virenscanner versucht?
Daten natürlich sichern (und nicht wieder einfach wieder draufkopieren).
Ist ja auch eine Sicherheitsfrage (Onlinebanking usw).

Das Vistaproblem ist wohl am ehesten zu beheben. Wenn es hauptsächlich an einem Programm liegt. Hast du denn mal einen alten Wiederherstellungspunkt geladen oder das SP neu? Normalerweise repariert sich Vista auch selbst, aber wenn die Updatefunktion auch nicht geht und du Viren hast...
Außerdem gibt es Reparturmöglichkeiten mit der Installations-CD.
Aber bei Viren hilft das alles wohl wenig.