Ich glaube die CSU gibt es deswegen weil Bayern ein Freistaat ist, der nicht ganz so vereinheitlicht wurde wie andere Bundesländer und der die bundesrepublikanischen Standards nicht so ganz übernommen hat. Da gibt es beispielsweise auch das Bayerische Rote Kreuz, nicht das Deutsche Rote Kreuz. Auch wenn das nur ein Landesverband ist, scheint es doch schon wegen dem Namen eine Sonderstellung zu anderen Ländern zu haben. Ich hab auch gehört, dass dort das Grundgesetz nicht gilt und sie dafür eine eigene Verfassung haben (die dem Grundgesetz aber sehr ähnlich ist), aber so genau hab ich mich damit nicht befasst, das kann auch falsch sein.
Ich nehme an, dass das alles Zugeständnisse sind, damit Bayern sich nicht selbstständig macht sondern Teil der Bundesrepublik wird, denn zwischen Bayern und Preußen lief es ja historisch meist nicht so gut.