Gute Sci-Fi aus den 80er und 90ern? Da fallen mir einige ein:

Königin der tausend Jahre
Rock n´Cop
Hinotori- Ai no Kosmozone (bei uns Space Firebird)
Captain Harlock
Atomboy bzw Astroboy(OK, das ist noch etwas älter ;-) )
Odysseus 31
Gundam
Macross
Captain Future
Captain N (wobei ich mir nicht sicher bin ob das als SciFi zählt^^)
Galaxy Express
Jura Tripper
Nadia- Secret of Bluewater
Devilman
Devilman Lady
Fist of the Northstar
Cyborg 009
Patlabor
Dr. Slump
Dominion Tank Police
Guyver
Transformers

Und noch ein paar nicht-japanische Sachen:
Centurions
MASK
Bravestarr
Saber Rider (obwohl das eigentlich nur ein neu zusammenwürfelter Anime ist, aber die Story wurde doch ordentlich verändert darum läuft das für mich als Ami-Produkt)
Visionaries
Beide Heavy Metal- Teile
Silverhawks
Thundercats
He-Man
Swatcats
Megaman
Defenders
Galaxy Rangers
Dino Riders
Dragon Flyz
Adolar bzw Archibald (der mit der aufblasbaren Rakete)
Robocop
Turbo Teen
Die Enterprise
Die Ewoks
Flash Gordon (ich finde sowohl die alte als auch die neue Trickserie gut gemacht)
GI Joe
Gargoyles
Inhumanoids
Voltron
Traumstein