Dass er als Admiral Commander der Enterprise war, ist mehr sehr wohl bewusst, ändert aber nix an der Tatsache, dass er am Ende von "Star Trek VI", wegen Befehlsverweigerung (Star Trek III) zum Captain degradiert wurde. Das wird im übrigen auch noch während der klingonischen Gerichtsverhandlung in "Star Trek VI" erwähnt, als Kirk und Pille als vermeintliche Mörder von Kanzler Gorcon angeklagt werden.

Hier kannst Du den Werdegang von James T. Kirk nochmal in aller Ruhe nachlesen:

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